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Quand je veux mettre un fichier ou dossier dans la racine par exemple pour les thèmes, je le fais à la mimine tout dans le terminal.Cd pour me placer dans le répertoire voulu.
Mv pour déplacer le fichier ou dossier au bon endroit.
Mais encore mv si on veut renommer.
Cp pour uniquement le copier coller.
Rm pour supprimer.
Si je veux créer un nouveau dossier c'est avec touch.
Ls pour lister le contenu des dossiers.
Et toussa.
Donc jamais je lance nemo ou caja en Root, ça évite les problèmes.
Pour les thèmes metacity je n'ai pas compris ce que tu veux dire (mode blonde activé)